Schválením Národného zoznamu navrhovaných Území európskeho významu (ÚEV) uznesením vlády SR č. 239/2004 zo dňa 17.3.2004 a jeho následným vydaním Výnosom MŽP SR č. 3/2004-5.1 zo 14.júla 2004 začala na území SR vznikať nová sieť chránených území – súvislá európska sieť osobitne chránených území Natura 2000. Zoznam obsahuje 382 navrhnutých ÚEV o celkovej výmere 573 690 ha. Tieto územia sa z 86% prekrývajú s už existujúcou sústavou národných chránených území a ich stupeň ochrany sa zatiaľ nemenil. Zvyšných 14%, na zatiaľ nechránených pozemkoch, sa dostalo pod predbežnú ochranu s druhým stupňom ochrany.

Národná sieť CHÚ a sieť území európskeho významu (Natura 2000)
Prameň MŽP SR, 2007

Tabuľka Plošné vzťahy národnej siete CHÚ a siete ÚEV (Natura 2000)

Prameň MŽP SR, 2007

Prax ukazuje, že slovenská koncepcia stupňov ochrany nie je kompatibilná s európskou legislatívou, čo si občas vyžaduje obmedzovanie hospodárenia vysoko nad rámec druhého stupňa ochrany. Ochrancovia prírody tu využívajú najmä kontroverzný § 6 ods. 1 zákona č. 543/2002 Z. z. o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov (bývalý § 12 písm. g), ktorý si vyžaduje súhlas obvodného úradu životného prostredia na každý zásah do biotopu európskeho alebo národného významu, ktorým sa biotop môže poškodiť alebo zničiť. Tento paragraf platí na celom území SR, zvyčajne sa však uplatňuje len v ÚEV. Vzhľadom na nejednotný výklad pojmov „poškodiť biotop“ a „zničiť biotop“ je možné aplikovať tento paragraf na takmer ľubovoľný lesohospodársky zásah, čo občas vyústi do veľmi významného obmedzenia hospodárenia.

Celkovo teda možno povedať, že implementáciou požiadaviek EÚ týkajúcich sa Natura 2000 dochádza k ďalšiemu obmedzeniu hospodárenia v lesoch a to nie len na územiach Natura 2000 neprekrývajúcich sa s už existujúcou sieťou CHÚ, ale aj vo väčšine už predtým chránených území so stupňami ochrany 2 až 4. Viac-menej bezo zmeny ostáva len pôvodný piaty stupeň ochrany, aj v ňom sa však výrazne skomplikovalo prípadné udeľovanie súhlasov a výnimiek (v prípade sťažností podaných na EK sa riešenie blokuje aj dlhšie než rok).