Ľudské aktivity vo väčšine CHÚ (s výnimkou chránených vtáčích území) sú obmedzené druhým až piatym stupňom ochrany. Prvý stupeň ochrany s najmenšími obmedzeniami ľudských činností, platí pre tzv. voľnú krajinu mimo CHÚ. Vo vyšších stupňoch ochrany obmedzení pribúda, obhospodarovanie lesa je však celkom vylúčené až v najprísnejšom (piatom) stupni ochrany. V 2. až 4. stupni je obmedzené najmä používanie pesticídov a hnojív, výstavba lesných ciest a ďalších objektov, zber lesných plodov a výkon práva poľovníctva. Takto definovaná ochrana, obmedzujúca vlastníkov a užívateľov lesa, nevyhovuje celkom ani ochrancom prírody, pretože jednotlivé stupne ochrany nemusia zaručovať zachovanie tých prírodných hodnôt, kvôli ktorým boli jednotlivé CHÚ vyhlásené.

Východiskom z tejto situácie mala byť zmena legislatívy – novela zákona č. 326/2005 Z.z. o lesoch v znení neskorších predpisov a novela zákona č. 543/2002 Z.z. o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov. Programy starostlivosti o lesy (PSL, predtým LHP – lesné hospodárske plány) sa stali jedným zo zákonných „dokumentov ochrany prírody“, a už niekoľko rokov nie je možné ich schválenie bez zapracovania pripomienok príslušných ochranárskych inštitúcií. Vo vyšších stupňoch ochrany (tretí a štvrtý) sa od 1.1.2020 musia uplatňovať prírode blízke spôsoby obhospodarovania:

– „t“ – trvalo viacetážové porasty alebo porasty v prebudove na trvalo viacetážové porasty na návrh obhospodarovateľa (už používané),

– „v“ – výberkové lesy alebo porasty v prebudove na výberkový les – na návrh obhospodarovateľa (už používané),

– „m“ – mozaikovité porasty alebo porasty v prebudove na mozaikovité porasty,

– „a“ – prírode blízke hospodárenie v porastoch s 3. a 4. SOP, ak sa neuplatňuje spôsob obhospodarovania „t“, „m“ alebo „v“ – zo zákona (novonavrhované).

Postačovalo by však aj dôsledné vyhlasovanie lesov osobitného určenia v chránených územiach, ktorých osobitné režimy hospodárenia by boli schválené všetkými zainteresovanými stranami.

Ani takáto úprava plánovania a starostlivosti o lesy sa časti ochranárskej obce stále nezdala dostatočná, a preto bola v roku 2021 schválená novela zákona č. 543/2002 Z.z. o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov, vďaka ktorej sa majú postupne presunúť pod správu Štátnej ochrany prírody všetky pozemky v užívaní štátu na územiach Národných parkov. (tzv. „reforma Národných parkov“)

Ukazuje sa, že naša sieť CHÚ je navrhnutá príliš veľkoryso. Sú do nej zahrnuté aj plochy, na ktorých je uplatňovanie zákona o ochrane prírody takmer vylúčené (napr. intravilány obcí, zastavané pozemky a p.) alebo odprírodnené ekosystémy, u ktorých nie je obnova pôvodnej biodiverzity reálna (napr. plantáže lesných drevín, porasty agáta a p.). Navyše, na efektívnu ochranu takto rozsiahlych území, a najmä na kompenzácie za obmedzené hospodárenie pre vlastníkov a užívateľov pozemkov, nemá štát dostatok prostriedkov. Preto MŽP v aktuálnom „programovom vyhlásení vlády“ deklarovalo potrebu prehodnotenia národnej sústavy CHÚ, v rámci ktorého by sa mala výmera CHÚ znížiť aspoň o najmenej cenné pozemky. Toto prehodnotenie sa netýka európskej sústavy CHÚ Natura 2000.

Jednotlivé kategórie chránených území majú legislatívou stanovený svoj stupeň (resp. stupne) ochrany prírody. Okrem toho  je možné CHÚ rozčleniť na zóny so stupňami ochrany 2. až 4. Po ukončení zonácie bude celá výmera NP a CHKO rozdelená do zón. V zónovaných NP a CHKO zaniknú všetky maloplošné chránené územia (MCHÚ) a budú priradené k príslušným zónam. V súčasnosti prebiehajúca zonácia CHÚ predstavuje veľmi kontroverzný proces, v ktorom je badateľná snaha niektorých ochrancov prírody neúmerne zvyšovať výmeru bezzásahovej zóny A, bez ohľadu na to, či to stav ekosystémov umožňuje alebo nie. Z tohto dôvodu ochrancovia prírody ťažko hľadajú konsenzus s vlastníkmi a užívateľmi lesov, takže proces zonácie výrazne mešká. Kompromisným riešením sľubujúcim dohodu je obmedzenie zóny A na už existujúce MCHÚ, pričom určité zvýšenie ochrany VCHÚ by sa dosiahlo vytvorením súvislých zón B a/alebo C.

Bezzásahové územia v najvyššom stupni ochrany by mali byť vyhlasované len tam, kde priaznivý stav ekosystémov ostane zachovaný bez pomoci človeka aj v prípade kalamitných udalostí. V súčasnosti sa však objavil nový prístup, predpokladajúci, že ponechanie akéhokoľvek územia bez ľudských intervencií predstavuje hodnotu samo o sebe. Zástancovia tohto prístupu, popri snahe o vyhlasovanie nových bezzásahových zón, často blokujú vykonanie potrebných opatrení po veterných smrštiach a premnoženiach hmyzích škodcov v CHÚ. Vďaka tomuto prístupu sa väčšina rezervácií v horských lesoch stala zdrojom šírenia podkôrneho hmyzu do okolitých porastov. Zároveň treba podotknúť, že bezzásahový režim v rozpadávajúcich sa zmenených porastoch neplní dostatočne očakávané ekologické funkcie, pretože sukcesný (prechodný) les pionierskych drevín má výrazne nižšiu produkciu biomasy, a teda aj nedostatočné viazanie uhlíka a zadržiavanie vody.

Problémom sa stávajú aj rezervácie, u ktorých sa po niekoľkých desaťročiach od vyhlásenia ukázalo, že lesy v nich si vyžadovali výchovné alebo obnovné zásahy a bez nich dochádza k postupnému zániku predmetu ochrany.

Špecifickým problémom sú ochranné pásma CHÚ. Zaraďujú sa do 2. až 4. stupňa ochrany, hoci podľa našej legislatívy nie sú skutočnými CHÚ. Ich funkciou by mala byť ochrana vlastných CHÚ pred nepriaznivými vplyvmi okolia a ochrana hospodárskych lesov pred šírením škodcov z chránených území. V skutočnosti však nemáme presne definovanú funkciu takýchto porastov a ochrancovia prírody ich považujú za neoficiálne rozšírenie vlastných CHÚ. Tento prístup je zvlášť výrazný v prípade ochranných pásiem národných parkov. OP NP majú rovnaký stupeň ochrany ako CHKO a ich výmera presahuje polovicu celkovej výmery všetkých našich CHKO. Pritom obmedzenia druhého stupňa ochrany nie sú takého charakteru, že by ich uplatňovanie vo väčších vzdialenostiach od hraníc NP akokoľvek prispievalo k ochrane vlastných NP.